تتمثل رسالة الوكالة في:

"تلتزم وكالة الجامعة بالتحسين المستمر للعمليات الإدارية والمالية من خلال تطبيق الأنظمة الإدارية المتطورة، والتحول الرقمي في تقديم الخدمات، والتخطيط الجيد للموارد المختلفة، وتبسيط إجراءات العمل، وتحقيق النزاهة والشفافية، وتطوير البنية التحتية ومنظومة الأمن والسلامة والنقل ، بما يسهم في الارتقاء بالأداء الجامعي".